王若兰的角膜受到辐射损伤后，竟然出现了令人意想不到的情况——钌-106结晶。这些六边形的晶体在阳光下折射出的光芒，形成了一个立体投影，而投影的画面竟然是她父亲的实验室！
张云轩惊讶地发现，当他用盖革计数器扫描王若兰的眼球时，计数器发出的蜂鸣节奏竟然与海关大钟的秒针完全同步，每分1200次的蜂鸣声仿佛是一种密码。经过一番思考，他意识到这可能是王若兰的父亲设计的生物钟密码。
更让人惊奇的是，当王若兰流泪时，泪水中悬浮的碳-14微粒在病历本上自动排列成了黄浦江的潮汐表。而在最异常的涨潮时刻下方，用碘-125标记着杨树浦发电厂的烟囱坐标。
这一系列匪夷所思的现象，似乎都与王若兰的父亲有关，而这些神秘的标记和密码究竟意味着什么呢？
王若兰发现自己的指纹正在量子隧穿效应下逐渐消失，每消失一个螺纹，上海某处就有一台发报机停止工作。她在X光片上看清真相：父亲将"影子部队"的通讯网络拓扑图，用金-198纳米粒子刺入了她童年接种的牛痘疤痕中。当张云轩用紫外线照射她手臂时，那些看似随机分布的疤痕突然连接成上海地下排水系统图，而闪烁的疤痕点正是基因武器投放井的位置。
军医从王若兰脊椎抽取的脑脊液中，分离出父亲改良的CRISPR-Cas9基因剪刀。这些酶分子在玻片上组成二进制代码，指向公共租界某犹太医生的冷藏柜。当张云轩打开标有"天花疫苗"的安瓿瓶时，里面的噬菌体在显微镜下竟排列成父亲的手写体："靶向锁已设定为Y-DNA单倍群O2a"。王若兰突然明白——这根本不是武器，而是专门针对日本陆军基因特征设计的免疫屏障。
垂死的王若兰被抬到汇丰银行地下室，她的身体已透明到能看见心脏跳动。当张云轩将长命锁碎片投入父亲设计的克莱因瓶模型时，模型内部突然呈现四维投影：1941年父亲与松本的对话全息记录。真相令人窒息——所谓"影子部队"其实是父亲用假死身份组建的反间谍网络，而松本才是真正背叛者。投影最后闪现父亲用磷-32写在上海地图背面的遗嘱："我的女儿，透明是最好的伪装"。
就在众人还沉浸在这惊人真相中时，地下室突然剧烈震动起来。警报声大作，红色灯光闪烁，原来是松本察觉到秘密即将败露，启动了地下防御系统。无数机械触手从墙壁伸出，朝着众人袭来。张云轩立刻释放强大能量，将触手一一震碎。然而，更多的攻击接踵而至。
王若兰虽身体透明虚弱，但心中燃起坚定的斗志。她集中精神，利用体内残留的特殊物质，与张云轩的能量相呼应。两人的力量交织在一起，形成一道强大的护盾，抵挡住了攻击。
他们顺着排水系统图的指引，朝着基因武器投放井前进。一路上，不断有危险出现，但凭借着张云轩的能量和王若兰的特殊能力，都化险为夷。终于，他们来到了目的地。此时，松本已在那里等候，一场决定人类命运的最终对决即将展开……