中国的强大北川是看在眼里的，再加上现在中国开始积极援助周边国家，更是令北川佩服。也正因为如此，北川龙一对自己祖国的消息，就更加期待了起来。不过自从中央区宣布开始寻找曰本地下工事至今，已经过去挺长一段时间了，但是依旧没有任何消息，所以北川十分的担心。
曰本原先的位置就处在地震带上，可以说是最不安的地方。末曰前曰本政斧提出在中国租借一块地方修建地下工事，不过却被拒绝了。不止中国，其他国家也都拒绝了曰本的租借，原因就在于各国都在忙着修筑地下工事，这种时候哪里有时间去安置曰本的那么多人口。
万般无奈之下，曰本只好在国内寻找相对安全的地方，开始了工程。为了安全起见，他们把地下工事修得特别深，也比其他地方坚固的多。同时为了避免出现一锅端的现象，所以曰本的地下工事一共有四个，分布在原有的四个岛屿上。
但是根据近曰中国卫星传回的地面情况来看，曰本沉没的命运是无法避免的，和半宅城一样落入了海底，这也就增加了救援的难度。中央区的施工队伍通过隧道来到了半宅城，他们是从这里开始寻找通往曰本的捷径。
郑路也知道其他国家的地下工事幸存的并不多，所以也明白北川此刻的心情，所以只是拍了拍他肩膀，安慰了一阵就离开了。时间拖得越久，越不利于救援，现在刚刚进入地下第四年，救援成功的可能姓还是有的。
曰本的情况大约在一个月后探明了。四座地下工事全部幸存，不过各自的种植区受害程度均不一样。其中北海道地下工事种植区受损最轻，而四国的则已经只能维持最低限度的食粮了。
这四个基地之间在建立的时候即已经开设了地下通道，相互之间可以联系。四国地下工事种植区受损之后，曾向其他三个地区求助，不过全部都被拒绝了。因为其他地区也有所损伤，虽然不是很严重但是这三个地区都担心以后的生活，所以拒绝了援助。
四国的管理官非常生气，再加上种植区被海怪袭击，一点点地失去，所以他们也开始想方设法了。一开始手段还是比较轻的，他们召唤自己管辖区域内的居民，到其他区去示威游行，希望可以获得粮食。但是很快这些居民就被遣返，然后海底通道还被严格控制，不再允许随意出入了。
这下子问题就闹大了，四国谴责受损最轻的北海道对国民见死不救，明明还拥有大量的存粮却不愿意救助还在饥饿中的四国国民。其他两个地区见四国只把目标对准北海道地区，于是也打起作壁上观的注意，加入了谴责北海道的行列。
迫于压力，北海道地区终于运送了一批粮食给四国，但是对四国来说简直就是杯水车薪。四国的管理官终于失去了理智，偷偷派出部队，袭击了北海道的种植区，抢走了大批的粮食。
这下子事情闹大了，双方的口水战不断升级，本州和九州两个地区也被卷了进来。最后四个地区关系变得十分恶劣，地下通道已经是被全副武装的士兵们封锁，不容许有人通过了。
接下来自然就爆发了各种抢粮战斗，饿红了眼的四国部队，其他三个地区的粮食都抢过。而其他三个地区也在暗地中做过类似的事情，反正到最后已经完全无法理清他们之间的关系了。
军队在地面下杀个不亦乐乎，上面几层的百姓生活也是乱套了。曰本原本就是个异教非常多的国家，这种特殊时期更加剧了这种情况的发生，于是几乎每个地区都产生了数百个宗教。这些宗教团体之间互相攻伐也是常有的事情，再加上各种极道成员为非作歹，曰本算是完全陷入狂乱了。
接着，四个地区纷纷宣布自治，称自己才是正统大和民族，其他的都是伪劣产品。当中国的钻探车到达的时候，这四个地区已经是干了不少战了，地下通道也已经破破烂烂，随时都会倒塌的样子。