再说皇太极率领八万大军，进入关内后，接连攻克了保安州、应州、灵丘、浑源州、蔚州、赤城、龙门所、万全、怀安，长城沿线官兵的粮饷还能有所保证，进到关内的卫所军，本来生存的依仗是田地，明代中后期，宗室、勋贵、官僚通过 “奏讨”“投献” 等方式大规模兼并军屯土地。如嘉靖年间，顺天等八府军屯被占达 40%，万历年间大同镇屯地 “十去其五”， 士兵失去土地后沦为佃农，甚至逃亡成为流民。如宣府镇在正德年间，军屯户数从十二万锐减至三万，“田归豪右，军无恒产”。 官府把军屯视同民田征税，甚至加派 “辽饷”“剿饷” 等苛捐。如万历年间，军屯每亩赋税从明初的零点三石增至一点二石，士兵 “耕不得食，徒为地主佃作”。 军官强迫士兵私垦荒地，收获物大部分被克扣，导致 “屯卒困于诛求，往往弃屯而逃”。 军官通过 “虚冒兵额”“扣克月粮” 牟利。如崇祯年间，大同驻军账面十万，实际仅两万，军饷被将领私分，士兵 “日给米不过半升，尚不足充饥”， 高级将领将士兵充作家奴、工匠，从事商业经营或劳役。如蓟镇总兵戚继光曾奏报：“边军三分之一为将官私役，修宅、抬轿、贸易，无暇训练。”正统年间，全国卫所缺额已达六成；至明末，京营 “额兵十万，实存者仅万余”，边镇 “士马半耗，器械朽钝”。
士兵逃亡率高达七成，如万历年间，宁夏卫 “原额军一点七万，存者仅三千”，逃亡者多因 “饥寒交迫，不堪虐待”。
卫所军器局生产效率低下，劣质兵器泛滥。如嘉靖年间，士兵所用刀 “柄易脱落，刃多锈钝”，弓箭 “筋胶不固，射不过三十步”。
马匹管理混乱，边镇战马 “瘦损者十之六七”，甚至出现 “以羊代马” 充数的荒唐现象。
明初 “卫所月操三次” 的制度，至成化年间已 “十年不阅”。士兵平日 “耕田负薪，与农夫无异”，战时 “执械而立，两股战栗”。
将领疏于训练，甚至以 “科敛钱财” 替代操练。如万历年间，蓟镇士兵 “惟知纳银免操，不知武艺为何物”。
卫所军户被列为 “贱籍”，与民户、匠户隔离，社会歧视严重。士兵 “视同奴隶，婚姻不通，生计日蹙”，缺乏职业荣誉感。
军户子弟被迫世袭为兵，有才者不得科举，有力者不得从商，导致 “豪杰之士耻为军伍”。
军户为逃避兵役，或自残肢体，或买人顶替。如正德年间，广东卫所 “市无赖子代役，名为‘帮丁’，实则冒领粮饷”。顶替者多为地痞流氓，无作战能力，甚至 “临阵脱逃，反劫民财”，加剧军队劣化。