明中期后，文官集团主导军事决策，武将地位低下。如蓟辽总督袁崇焕杀毛文龙，反映出 “以文制武” 对军队指挥的破坏。
卫所军的调遣需经兵部、督抚、总兵多重审批，“事权分散，动辄掣肘”，无法应对突发战事。嘉靖后，明朝将军事重心转向 “九边” 重镇，内地卫所被边缘化。如南直隶卫所 “兵不习战，城不设防”。
万历三大征后，明朝财政枯竭，卫所军 “粮饷拖欠达三年以上”，士兵 “鬻子卖妻，逃亡相继”。
小冰期引发的饥荒加剧士兵哗变，如崇祯元年年陕西边军因缺饷哗变，成为明末农民起义的导火索之一。明中期后，募兵制逐渐取代卫所制，但卫所军未及时裁汰，形成 “两套体系并行” 的混乱局面。募兵待遇月饷一点五两，而卫所军仅零点三两，导致卫所士兵 “心向募兵，厌弃卫籍”。
卫所军未能融入火器化军事改革，仍以冷兵器为主，面对后金的 “铁骑 + 火炮” 组合，战斗力差距悬殊。
正当皇太极在大明复地烧杀掳掠，如入无人之境，他的部下蒙古旗就收到老窝被端消息，蒙古旗的人再也无心恋战，纷纷向皇太极提出要求回援漠东蒙古，皇太极看看这次入关已经收获满满，也就同意撤兵。
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